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Sur un bassin de 97 000 km2, avec ses 55 km de cours d'eau, la présence de Paris au cœur de la région parisienne, la diversité de son amont et de son aval avec une frontière littorale, l'Agence de l'Eau Seine-Normandie demeure le principal outil de gestion de la ressource et de la qualité des eaux, tant souterraines que superficielles.

Il est vrai que l'enjeu est d'importance. Le Schéma d'aménagement, le SDAGE, soit être adopté d'ici à la fin de l'année 2009. Par ailleurs, le programme de travaux lancé jusqu'en 2012 oblige l'Agence à se conformer à la directive cadre sur l'eau et aux directives européennes afin d'atteindre le « bon état écologique d'ici 2015 ». De plus, le Grenelle de l'Environnement entraîne immanquablement une adaptation des priorités en matière d'assainissement, de zones sensibles sans oublier les nappes phréatiques.
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Au total, sur la période 2007 - 2012, 7,5 milliards d'investissements sont programmés avec, à la clef, 4,7 milliards d'euros de soutien financier générés par les redevances des usagers : particuliers, industriels et agriculteurs.

Composé de représentants élus des collectivités locales et territoriales (communes, départements et régions), des usagers et des personnes qualifiées, le Comité de Bassin compte 148 membres. L'ensemble de ces représentants se sont donc retrouvés à Paris pour élire leur Président, en l'occurrence André Santini, Maire d'Issy-les-Moulineaux et Secrétaire d'Etat chargé de la fonction publique, ainsi que les organes exécutifs, dont la très importante Commission permanente des programmes et de la prospective présidée par l'Axonais Dominique Jourdain.
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Membre de l'Agence de l'Eau depuis son élection au Conseil général, Jean-Jacques Thomas y présidait la Commission territoriale des Vallées de l'Oise, un bassin de 17 000 km2 autour de l'Oise, de l'Aisne, de l'Aire et de leurs affluents.

Cette structure a ainsi contribué à privilégier la concertation entre les différentes composantes, à démultiplier les débats et les consultations, à analyser les programmes de l'Agence, à défendre de nouvelles pratiques, notamment l'assainissement autonome en milieu rural et à proposer au Comité de Bassin des mesures globales ou locales.

Candidat à sa propre succession, Jean-Jacques Thomas a donc été réélu à l'unanimité à la Présidence de l'une des six Commissions géographiques de l'Agence avec Hubert De Bruyn en qualité de Vice-Président. Robert Galley, ancien Ministre (ici en discussion avec son homologue des Vallées d'Oise), préside, quant à lui, celle de la Seine-Amont.